Tepat pada hari Jumat, 6 Januari 2012, Pukul 09.00 rombongan pimpinan Fakultas Humaniora dan Budaya yang terdiri dari Drs. KH. Chamzawi, M.Hi, Dr. H. Wildana Wargadinata, Lc., M.Ag, Dr. Istiadah, MA dan Dr. Hj. Umi Mahmudah, MA tiba di ruang Pembantu Rektor Bidang Akademik UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta Dr. Sekar Ayu Aryani, M.Ag. Bersama beliau beberapa pimpinan yang turut menemui rombongan Fakultas humaniora adalah Pembantu Rektor Bidang Kerjasama: Prof. Dr. H. Siswanto Masruri, M.A., Dekan Fak Saintek: Prof. Drs. H. Akh. Minhaji, M.A., Ph.D., Pembantu Dekan Bidang Akademik: Dra. Khurul Wardati, M.Si, Pembantu Dekan Bidang ADUM: Khamidinal, M. Si dan Dekan Fak Isosbud.
KH Chamzawi membuka perbincangan setelah salam, dengan mengutarakan latar belakang studi banding rombongan Fakultas Humanuora dan Budaya UIN Malang, bahwa dalam rangka mencari penguatan tentang keabsahan ijazah akta IV bagi mahasiswa jurusan kependidikan yang ada di luar fakultas Tarbiyah, karena baru-baru ini mahasiswa jurusan Pendidikan Bahasa Arab mempertanyakan legalitas ijazah akta IV yang dikeluarkan oleh Fakultas Humaniora dan Budaya.
PR I Universitas Islam Negeri (UIN) Yogyakarta menanggapi, bahwa sejak berdirinya tahun 2005, Fakultas Saintek membuka beberapa jurusan kependidikan. Diantaranya pendidikan matematika, pendidikan fisika, pendidikan kimia. Sejak meluluskan sarjana yang pertama kali tahun 2009, bersama itu pula fakultas saintek mengeluarkan ijazah akta IV bagi mahasiswa yang telah diwisuda. Kenyataan menunjukkan bahwa setelah lulus para alumni tidak mengalami kendala yang berarti dengan ijazah akta IV-nya tersebut. Bahkan beberapa diantara mereka diterima sebagai pengajar di instansi pemerintah (lembaga formal) sebagai guru negeri dan di beberapa lembaga pendidikan formal sebagai guru swasta. Ada beberapa di antara mereka juga diterima di sekolah-sekolah favorit di kota Yogyakarta.
Dekan Saintek Universitas Islam Negeri (UIN) Yogyakarta, Prof. Minhaji mengatakan bahwa awal mula berdirinya jurusan-jurusan kependidikan di bawah fakultas saintek bermula berdiri di bawah naungan Fakultas Tarbiyah. Kemudian setelah mempertimbangkan efisiensi dan efektifitas pelaksanaan jurusan-jurusan tersebut, dengan pertimbangan positif negatifnya, akhirnya diputuskan untuk memindahkan jurusan-jurusan tersebut ke fakultas saintek sebagai induk keilmuannya. Pertimbangan efektifitas pembelajaran di antaranya mempertimbangan SDM dosen yang selama ini menjadi pengajar semuanya ada di fakultas saintek, demikian juga dengan sarana laboratorium dan sarana-sarana lainnya. Pembicaraan pindah jurusan-jurusan di atas hanya cukup diselesaikan antar fakultas.
PR I Universitas Islam Negeri (UIN) Yogyakarta menambahkan bahwa peletakan jurusan-jurusan atau prodi adalah kewenangan dari pimpinan (Rektor), karena tidak ada aturan hukum yang mengikatnya. Dan tatkala pertimbangan rumpun keilmuan yang dijadikan landasan, maka hal ini sangat menunjang efisiensi dan efektifitas proses pembelajaran. Karena profesionalitas akan terwujud tatkala lingkungan sangat mendukung kelancaran proses belajar mengajar.
Pembicaraan kami kemudian berlanjut pada Permenag RI No 36 tahun 2009 tentang Penetapan Pembidangan Ilmu dan Gelar Akademik di lingkungan Perguruan Tinggi Agama. PR I Universitas Islam Negeri (UIN) Yogyakarta menanggapi. Aplikasi dari permenag RI No 36 tahun 2009 tentang Penetapan Pembidangan Ilmu dan Gelar Akademik di lingkungan Perguruan Tinggi Agama di atas, tidak sepenuhnya dilaksanakan di lingkungan perguruan tinggi Agama. Terbukti dengan penggunaan gelar S.Ud., yang seharusnya diperuntukkan bagi sarjana ushuluddin, ternyata tidak dipergunakan sebagaimana mestinya. Demikian juga dengan gelar S.Sy., bagi sarjana fakultas syari'ah, S.Hum., bagi alumni fakultas humaniora dll. Akan tetapi tatkala ingin meluruskan peletakan prodi permenag ini dipergunakan untuk menyerang, sehingga nampak ketidak fair-an pihak pengguna permenag ini dan terkesan dijadikan senjata untuk menyerang lawan.
Dekan Fakultas Saintek Universitas Islam Negeri (UIN) Yogyakarta, Prof.Dr. Minhaji menanggapi pelaksanaan permenag RI No 36 tahun 2009 tentang Penetapan Pembidangan Ilmu dan Gelar Akademik di lingkungan Perguruan Tinggi Agama, beliau berpendapat bahwa kita tidak boleh lupa, sekarang kita sudah menjadi UIN bukan lagi IAIN yang fakultasnya agama saja apalagi tarbiyah, bukan. Karena itu perkembangan-perkembangan peraturan seharusnya terjadi karena adanya perkembangan-perkembangan baru yang menuntut adanya kebijaksanaan, dan kalau belum ada maka harus diadakan, ini yang namanya kemajuan bukan kemunduran.
Selanjutnya rombongan fakultas Humaniora dan Budaya menanyakan tentang kemungkinan LPTK di bawah kendali universitas. Dekan Fakultas Saintek Universitas Islam Negeri (UIN) Yogyakarta menanggapi, bahwa dengan melihat fenomena perkembangan dari IAIN menuju UIN, maka di antara resiko yang harus dipertimbangkan adalah kemungkinan meletakkan LPTK di bawah naungan Universitas. Karena semua fakultas yang ada di bawah naungan UIN juga menghendaki adanya jurusan kependidikan dari jurusan-jurusan ilmu-ilmu murni, sehingga tatkala ini terjadi maka situasi kondusif yang mendukung terciptanya profesionalitas bisa diwujudkan. Dan dengan adanya perkembangan jurusan-jurusan kependidikan dibawah naungan fakultas selain Tarbiyah akan memungkinkan terjadinya perkembangan yang ideal di lingkungan perguruan tinggi agama, khususnya di UIN, sehingga tidak akan lagi ada fenomena fakultas gemuk di antara fakultas- fakultas kurus.
PD II Saintek menambahkan bahwa fenomena LPTK di kalangan perguruan tinggi negeri yang tergolong besar dan terkenal di Indonesia, bermacam-macam. Adakalanya LPTK tersebut diletakkan di universitas yang haknya diberikan pada tiap-tiap fakultas seperti Universitas Negeri Malang (UM), adakalanya diletakkan di prodi atau jurusan seperti UPI, sehingga peletakan LPTK tersebut pada dasarnya dikembalikan pada azaz profesionalitas yang itu sebenarnya ada dan melekat pada prodi atau jurusan kependidikan.